La rhizosphère forestière est un milieu où cohabitent de multiples champignons et Phytophthora. Certains sont bénéfiques, les champignons mycorhiziens notamment, d’autres sont pathogènes. Dans un contexte normal (i.e. en l’absence de stress), et dans un environnement donné, tous ces microorganismes (bénéfiques et pathogènes) sont dans un état d’équilibre. Lorsque les conditions de l’environnement induisent des stress, un déséquilibre du « rhizobiome » se crée et certains pathogènes peuvent alors s’activer avec un impact sur la santé des peuplements.
Disposer d’une méthode de diagnostic capable de détecter tous ces microorganismes est la première étape nécessaire à l’étude des interactions plante / environnement / micro-organismes et à la compréhension du processus de dépérissement des essences forestières. Les techniques de séquençage haut débit (technique HTS) utilisées en écologie microbienne pourraient répondre à cet objectif. Elles sont toutefois encore peu développées dans un contexte de diagnostic pour caractériser les champignons et Phytophthora du sol car elles nécessitent des validations et restent encore très coûteuses.
Le laboratoire de mycologie souhaite développer une expertise dans ces nouvelles méthodes de diagnostic en pathologie forestière. Dans le cadre du projet BIOAG-FOR-WAL, une méthode de séquençage haut débit adaptée à la détection des Phytophthora du sol sera mise au point. Des échantillons de racines de hêtres présentant différents faciès de dépérissement seront utilisés pour la validation. Si la méthode est prometteuse, elle pourra être envisagée dans d’autres projets pour la détection de Phytophthora du sol associés à d’autres essences forestières, ou pour la détection des communautés de champignons de la rhizosphère de divers peuplements forestiers.
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