Contexte
Le projet GMOSeek a pour but de développer de nouvelles méthodes de détection des OGM. En effet, le nombre d'OGM croît sans cesse, tant pour ceux qui sont autorisés en Europe que pour ceux qui y sont interdits. De nouvelles stratégies sont donc à développer, tout en gardant à l'esprit que les coûts d'analyse doivent rester abordables. Les méthodes de criblage sont l'un de ces moyens, un minimum de tests permettant de détecter un maximum d'OGMObjectifs
De nouveaux outils bio-informatiques seront générés dans le cadre du projet GMOSeek de manière à aider les laboratoires de contrôle dans les stratégies à adopter. Plusieurs méthodes de criblage seront également développées et évaluées en tenant compte des critères de validation décrits par le Codex Alimentarius (CCMAS ; Alinorm 10/33/23 Appendix III). Ces méthodes seront testées dans un second laboratoire pour évaluation.
Contribution
Dans cette perspective, le CRA-W intervient dans le projet sous différents aspects.
Pour ce qui concerne le développement d'outils bio-informatiques, le CRA-W à participé à la création de la matrice OGM, à savoir une base de données reprenant les OGM existants et les caractéristiques de leurs constructions transgéniques (promoteurs, gènes, terminateurs,...) de manière à déterminer les éléments les plus intéressants à développer compte tenu des méthodes existantes et des tendances liées aux nouveaux OGM arrivant sur le marché. Le CRA-W a participé à une vérification pratique et théorique d'une partie des informations contenues dans cette matrice. Le CRA-W a également mis au point un programme Excel de manière à pouvoir manipuler plus facilement cette grande quantité d'information et y réaliser des opérations comme des sélections d'informations, des comparaisons d'OGM ou la détermination de candidats potentiels en fonction de résultats d'analyses de screening.
Concernant ces tests de criblage, le CRA-W a mis au point des tests par PCR en temps réel pour le promoteur Ubiquitin du maïs (pUbi), le terminateur E9 du pois (tE9) et le gène cry1Ab. De manière à éviter des faux positifs suite à la présence de pois dans un aliment (le terminateur E9 provenant du pois), des cibles pour la détection du pois ont également été recherchées et comparées. Le gène cry1Ab présentant un certain nombre de variants, une approche novatrice par pyroséquençage a été développée pour ce dernier. Les méthodes pour le pUbi et le tE9 ont été transférées au LGL pour évaluation, les autres seront transférées dans une seconde phase. Le matériel de référence (matériel plasmidique) associé à ces méthodes est également élaboré dans ce projet.
Partenaires
Ce projet réuni 6 partenaires : le Département Biosécurité et Biotechnologie de l'Institut de Santé Publique (ISP) de Bruxelles, de l'Unité Technologie et Alimentation de l'Institut de Recherches pour la Pêche et l'Agriculture (ILVO) de Merelbeke, l'Unité Traçabilité et Authentification du Département Valorisation des productions du Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), la section Biologie Moléculaire du Ministère Bavarois pour l'Environnement et la Santé (LGL) de Oberschleißheim (Allemagne), l'Unité de Biologie Moléculaire et Génomique du centre Commun de Recherches (JRC-IHCP) de Ispra (Italie) et l'Institut National de Biologie (NIB) de Ljubljana (Slovénie), coordinateur du projet.
Financement
- CRA-W - Centre wallon de Recherches agronomiques
- Food Standard Agency (FSA, UK).
- German Federal Office of Consumer Protection and Food Safety (BVL, Germany)
Team
