En 2020, l’Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) a publié un éditorial sur la nécessité d’inclure les microbiomes dans les évaluations scientifiques de l’EFSA. En effet, les microbiomes de l’ensemble du système alimentaire ont le potentiel d’avoir un impact, direct ou indirect, sur la santé humaine et animale, ainsi que sur la qualité, la sécurité et la durabilité des aliments. Compte tenu de la perspective intégrée du cadre One Health, la mise en œuvre de conseils ou d’une méthodologie permettant de tenir compte systématiquement des effets possibles sur les microbiomes ou des effets des microbiomes sur la santé humaine/animale/végétale est devenue nécessaire. Deux subventions thématiques ont été accordées en 2020 : l’une pour évaluer l’impact sur/par le microbiome du tractus gastro-intestinal (GI) (humain et animal domestique) dans les évaluations relevant de la compétence de l’EFSA (lot 1) ; et l’autre pour évaluer l'impact sur/par les microbiomes environnementaux (plantes, faune, sol) dans les évaluations relevant de la compétence de l'EFSA (lot 2). Le lot 2 a été remporté par un consortium unissant le CRA-W (coordinateur du projet) et l’UCLouvain.
L'objectif principal du lot 2 est de renforcer les capacités d'évaluation (1) de l'impact des substances liées à la production alimentaire sur les microbiomes environnementaux, et (2) de l'impact des microbiomes environnementaux sur la sécurité et la durabilité de la production alimentaire (agriculture), afin de déterminer si les microbiomes peuvent, ou non, être inclus dans les évaluations des risques relevant de la compétence de l'EFSA.
Les objectifs spécifiques du lot 2 étaient :
1. Examiner l'état de l'art et évaluer de manière critique les preuves, les technologies et les modèles ;
2. Élaborer une feuille de route (roadmap) pour faire progresser la recherche afin de répondre aux besoins d'évaluation des risques pour tenir compte des microbiomes environnementaux.
Au terme du projet, la feuille de route élaborée souligne les lacunes cruciales en matière de données (par exemple, le manque de données en dehors des archées, des bactéries et des champignons, les informations manquantes sur ce qui constitue les microbiomes de base, etc.) et les exigences de recherche (par exemple, la nécessité d’efforts coordonnés pour la normalisation des protocoles et pour la création et la maintenance de bases de données) qui doivent être comblées avant que la richesse des données générées par les études sur le microbiome environnemental puisse être pleinement utilisée. Combler ces lacunes est essentiel non seulement pour faire progresser la science du microbiome, mais aussi pour garantir son application pratique dans le domaine de l’évaluation des risques. Pour faciliter l’intégration progressive des études sur le microbiome dans l’évaluation des risques environnementaux, le rapport propose des recommandations. Il s’agit notamment de faire progresser des éléments clés tels que la définition d’une base de référence pour le microbiome, l’identification des espèces clés, la validation des indicateurs proposés, la normalisation et l’amélioration de la précision des méthodologies, l’élargissement de la gamme et des types de micro-organismes évalués, et l’amélioration des biobanques et des bases de données actuelles à des fins d’évaluation des risques. Ces mesures devraient également faciliter l’adoption de lignes directrices largement acceptées dans le cadre réglementaire auquel l’EFSA est confrontée. De plus, des opportunités cruciales de communication et d’engagement ont été identifiées. Il s’agit notamment d’initiatives telles que la sensibilisation aux études sur le microbiome et à l’évaluation des risques, le renforcement des capacités et la formation interne des experts et du personnel, la promotion de la collaboration et le partage d’expertise entre les agences de réglementation.
La convention de subvention a été signée en février 2021 par le CRA-W et l'EFSA et le projet s'est terminé le 22 décembre 2023.
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Financement et collaboration
Le projet Microbiome est financé par la European Food Safety Authority (EFSA) et mené en collaboration avec l’UCLouvain.
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