L’objectif du projet est de déterminer le statut phytosanitaine de la bactérie Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens en Belgique.
Cette bactérie favorisée par le réchauffement climatique a été reclassifiée bactérie de quarantaine absente de l’Union Européenne. Elle doit maintenant être absente de cultures légumières riches en protéines dont l’expansion est souhaitée en Wallonie : haricot (hôte majeur), soja, pois, pois-chiche, fèves, féverole, lupin… (hôtes mineurs). Elle a parfois été trouvée dans l’UE, dont récemment sur soja à l’ILVO. Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Organisme Réglementé Non de Quarantaine) et Pseudomonas syringae seront aussi investigués.
Méthodologie
Des contacts et visites chez des firmes semencières, des centres de recherche/pilotes, et des producteurs fourniront les graines et plantes analysées. Les isolats positifs seront caractérisés.
Une information des acteurs de terrains (semenciers, centres pilotes) visera une prise de connaissance du problème, et à donner les moyens à mettre en œuvre pour fournir des graines répondants aux exigences de la nouvelle réglementation.
Premiers résultats
Aspects phytopathologiques
Nos travaux ont montré que des tests PCR utilisés depuis plus de 20 ans pour identifier Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens détectent en fait des séquences trouvées dans trois plasmides qui contiennent des gènes de virulence spécifiques au pathovar flaccumfaciens. Cela confirme ce qui a été découvert pour Curtobacterium flaccumfaciens pv. poinsettiae sur poinsettia, c’est à dire que des plasmides spécifiques sont responsables de la pathogénicité et du transfert de la pathogénicité à des souches hétérogènes dans l’espèce Curtobacterium flaccumfaciens. Cela souligne aussi le danger que représenterait l’introduction d’une souche de Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens porteuse d’un plasmide de pathogénicité dans l’UE car des souches de Curtobacterium flaccumfaciens indigènes non pathogènes pourraient devenir des Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens suite à l’acquisition du plasmide de pathogénicité par transfert horizontal.
Aucune des souches de Curtobacterium flaccumfaciens, ou d’une autre espèce de Curtobacterium, isolées et testées à ce jour dans le cadre du projet n’a été positive dans les tests PCR réalisés, ce qui indique qu’elles ne possèdent pas un plasmide de pathogénicité de Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens et qu’elles ne sont donc pas des organismes de quarantaine.
Aspects liés au sol (voir aussi fiche du projet HARMSTAT)
Le projet HARMSTAT a mis en évidence une diversité génétique considérable parmi les Curtobacterium flaccumfaciens et autres espèces de Curtobacterium isolés de poinsettia et de blé. Malgré qu’il n’ait été initialement réalisé dans le projet CURTOALERT que des analyses sur semences, et que donc seuls des Curtobacterium transmis par la semence aient ainsi pu être trouvés, les premières analyses sur pois, lupin, féverole et soja montrent l’ubiquité et la diversité des Curtobacterium flaccumfaciens sur ces cultures protéagineuses. Cette présence, et les diversités déjà rencontrées, confirment les résultats sur poinsettia et blé et sont conformes avec la grande diversité des Curtobacterium mise en évidence par d’autres équipes au niveau de la litière dans le sol sur tous les sites étudiés, où les Curtobacterium participeraient à la dégradation de la matière organique des plantes mortes dans des communautés de litière : ils seraient actifs dans la minéralisation de polysaccharides structurels des végétaux. Ces aspects sont plus développés dans la fiche du projet HARMSTAT.
L’analyse de plus de lots, de feuilles, et d’autres espèces renseigneront sur les diversités en présence et sur les corrélations avec les populations décrites sur litière.
Pour en savoir plus
Partenariat
ILVO
Financement
Projet SPF
