Le CRA-W développe depuis de nombreuses années des méthodes de détection et d’identification basées sur l’amplification de séquences spécifiques d’ADN, essentiellement via la technique de PCR. Ces méthodes PCR sont généralement ciblées c.-à-d. que l’on ne détecte que la séquence (et donc éventuellement l’organisme) pour lequel le test a été mis au point. Il est donc intéressant de pouvoir disposer de méthodes non ciblées permettant d’avoir une vision plus globale des organismes présents dans un échantillon ou un écosystème.
C’est dans cette optique que le CRA-W s’est intéressé aux nouvelles méthodologies faisant appel au séquençage à haut débit. Le CRA-W s’est déjà illustré en proposant des approches novatrices faisant appel à des techniques d’enrichissement combinées au séquençage à haut débit pour la détection des OGM. Cela permet de rassembler l’équivalent de 146 tests en une seule analyse.
Des approches en metabarcoding sont également développées. Elles consistent à cibler des séquences universelles, de courtes séquences partagées par un groupe d’espèces, pour effectuer une classification taxonomique des organismes et ainsi identifier simultanément l’ensemble des espèces contenues dans un échantillon. Les dizaines de milliers de séquences obtenues doivent être triées et attribuées le plus correctement possible afin d’identifier les différents organismes pouvant correspondre . Cette technique est utilisée dans le projet FARMYNG , afin d’authentifier des farines d’insectes, dans le cadre des analyses OGM afin de détecter les espèces végétales présentes dans les produits alimentaires mais aussi le pollen ou le pain d’abeilles (projet POLBEEs) . Le metabarcoding est également utilisé pour identifier les pathogènes fongiques qui attaquent nos forêts et qui sont collectés via des capteurs de spores (projet RESIPATH) , ou encore pour déterminer la structure des consortia microbiens des sols, de la rhizosphère et de la phyllosphère au travers par exemple des activités de suivi de la fertilité biologique des sols ou également de recherches de microorganismes permettant d’entraver la croissance des pathogènes des céréales (projet Antagonist ).
La quantité de données générées par le séquençage à haut débit est toutefois telle qu’elle ne peut plus être gérée sans outils bioinformatiques et ordinateurs de grande puissance.
Le CRA-W développe donc parallèlement ses compétences en analyses bioinformatiques et programmation afin de poser un avis sur les solutions existantes et d’en développer de nouvelles, toujours plus performantes.
